CovRadar: neue Plattform zur kontinuierlichen Überwachung von SARS-CoV-2-Mutationen

CovRadar

Veröffentlicht 16.04.2021 11:30, Kim Wehrs

Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Hasso-Plattner-Instituts (HPI), des Robert Koch-Instituts (RKI), des Europäischen Virus-Bioinformatik Instituts (EVBC) und der Medizinischen Hochschule Hannover haben gemeinsam mit CovRadar eine neue interaktive Plattform zur molekularen Überwachung des Corona-Spike-Proteins entwickelt, auf das die meisten Impfstoffe abzielen. Sie verbindet einen Analyseprozess und eine Web-Anwendung, die die Analyse und Visualisierung von über einer Million Sequenzen ermöglichen. 

Dass Viren mutieren, ist normal. Doch Mutationen können große Auswirkungen auf das Infektionsgeschehen und die Maßnahmen zu deren Eindämmung haben und müssen daher kontinuierlich überwacht werden. Erst vor wenigen Monaten informierten die britischen Gesundheitsbehörden über eine neue Variante von SARS-CoV-2, die deutlich ansteckender ist. Kurz darauf wurden weitere "Variants of Concern" in Südafrika und Brasilien entdeckt, die sich nun weltweit ausbreiten, auch in Deutschland. 

CovRadar erstellt aus Genomregionen ein multiples Sequenz-Alignment und bestimmt daraus Varianten, Konsensus-Sequenzen und phylogenetische Stammbäume. Die Ergebnisse werden in einer interaktiven PDF-ähnlichen App präsentiert, die eine schnelle, einfache, exportierbare und flexible Auswertung ermöglicht. Dabei sind durch die vielfältigen Filteroptionen sowohl Echtzeit- als auch retrospektive Analysen möglich. Gleichzeitig erlaubt eine interaktive Deutschland-Karte auch die Betrachtung der Verbreitung von Mutationen in verschiedenen Regionen.

CovRadar ist eine interaktive und frei zugängliche Plattform zur kontinuierlichen molekularen Überwachung von SARS-CoV-2-Mutationen. Das System wird auch vom Krisenstab des Robert Koch-Instituts (RKI) genutzt. Ziel der gemeinsam von Wissenschaftlern des Robert Koch-Instituts (RKI), des Europäischen Virus-Bioinformatik Instituts (EVBC), der Medizinischen Hochschule Hannover und des Hasso-Plattner-Instituts (HPI) entwickelten und vom Bundesministerium für Bildung und Forschung geförderten Plattform de.NBI ist es, insbesondere Virologen und Epidemiologen Sequenzinformationen und -daten übersichtlich in Echtzeit zur Verfügung zu stellen, damit diese auf Mutationen schnell und effizient reagieren können. Das Hasso-Plattner-Institut (HPI) in Potsdam ist Deutschlands universitäres Exzellenz-Zentrum für Digital Engineering.

https://covradar.net/ 

Foto: Adobe Stock


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